反修例事件引致社會分裂，現今已被帶進香港天主教會內。天主教香港教區宗座署理湯漢樞機不久前發表牧函，說反修例事件令某些群體對與他們意見不合的人產生仇恨，這些負面態度進入教會圈子，在教區造成分化。湯漢指斥有教友傲慢地挑戰或批評教會，甚至誹謗教會領袖，結果只會樹立惡表及引致教會分裂，為達目的把暴力合理化。
有教會內部人士解釋，這次反修例事件參與群體犯了三大罪名：一是尋求把暴力合理化，主張為求目的不擇手段；二是反對別人持中間路線，堅持行為只有完全對或完全錯；三是要分裂教會，不惜公開譴責、抹黑及排斥教會內跟他們政治立場不同的人，挑戰或批評教會，甚至誹謗教會領袖。
乍眼看來，湯漢樞機牧函批評的對象應包括反修例事件兩邊派系，他保持中立，未見特別針對某個特定派系或政治傾向，只是廣泛地指斥有人對不合意見者產生仇恨，造成分化，並不限於教會內某一派別。作為整個天主教會最高領導，相信他首要任務是制止仇恨分化，化解爭端。另外，湯漢也指有人挑戰或批評教會，誹謗教會領袖，樹立惡表及引致教會分裂，這也明顯站在確立教會領袖權威的立場，不想被人挑戰，避免教會內部分裂，也譴責有人要把暴力合理化。
湯漢採中間立場，單單就一些原則問題，如反對有人抱仇恨分化態度、分裂教會、把暴力合理化等，都是各打五十大板，希望教友重新團結，似乎都合乎教會的宗旨原則，教友應放下敵視仇恨，聆聽教誨，遵從指導。不過教會中不作此想的大有人在，有人指摘湯漢本質上是針對「黃絲」教友及執事，例如牧函指去年反修例事件中，某些群體對那些在社會政治改革上與他們意見不合，或不贊同他們行為表現的人所產生的仇恨。又例如他指摘很多市民認定，香港社會的未來沒有希望和任何前景，這些負面態度亦進入了教會圈子，沒有希望和任何前景亦是「黃絲」的想法。
反修例事件高峰時期，某些教會中人曾積極參與，讓反對派和黑暴在教會建築物囤積物資武器、衝突期間開放教堂讓黑暴進入休息整編、不少教會學校縱容「黃絲」老師向學生宣揚抗爭仇警、到今天還想以教會團體名義在老闆被控觸犯《港區國安法》的報章刊登支持廣告。我們外人看湯漢的牧函是志在修和，團結不同政治傾向的教眾，但教會的「黃絲」教友和執事，恐怕會把牧函當作對他們鞭韃討伐的檄文，根本就無從修和。看來經此一役，天主教會內部的分裂更不可能避免。