《港區國安法》最大的缺失，就是沒有按照全國性的國家安全法的頒布之期——二○一五年的法律效力在香港實施，令到二○一五年以來香港發生的一系列違反國安的犯罪事件和人逸出了法網。這對該法要達到維護國安的目的大打折扣，對清理長期危害國安、勾結外國搞顛覆國家政權、搞分裂活動、搞恐怖活動的反中亂港勢力極為不利。有了這個缺失，絕大部分干犯了國安法的人包括「黑手」、「骨幹分子」、「核心暴徒」等等都能潛伏下來，韜光養晦。其實力得到了近乎完整的保存，可以好整以暇，窺測方向，伺機而動，香港危害國安的毒瘤繼續擴散。
因而，《港區國安法》公布之初那股像那麼回事的震懾力很快消散，對此連反中亂港之人、裝死躺下之人都已感覺到了。更讓他們大鬆一口氣的是，國安法頒布後，他們用來「試水」、挑釁挑戰國安法的各種活動，用來為過去一年暴亂中「引幡招魂」、「矢志再戰」的違法「紀念」活動，都沒有被干犯了國安法而現場追究。他們的種種違法之舉，無論從動機、行為還是場域背景，都已干犯了國安法。然而，當局只以「非法集結」、「傷警」、「組織非法集結」、「違反禁聚令」等等拘捕之，譴責他們，好像《港區國安法》根本不存在！
事實上，他們的犯罪行為是清楚疊加的，既干犯了國安法，又干犯了各種刑事罪行，然而這些警方在抓捕嫌犯時並未一併表示清楚；律政司在檢控之時更有可能「故意遺漏」，或「避重就輕」，把他們放出「國安法網」也。
《港區國安法》本來就有「不設追溯期」的重大缺失，如今在執行過程中又被明顯「高高掛起」「當佢冇到」，它的武功被一廢再廢。《港區國安法》雖然是全國性法律，是「尚方寶劍」，且有「中央機關」設置和督戰，但絕大多數情況下的執法要靠香江府衙和本地司法機構，他們的態度和所作所為決定了國安法的命運，地頭蛇有可能壓倒強龍也。