除了廢棄塑膠品,頻繁的人類活動同樣會影響生態系統,其中被國際自然保護聯盟列為瀕危物種的綠海龜,是全球八個海龜物種中唯一會於香港深灣繁殖的海龜,加上近年香港水域偶有發現綠海龜蹤影,惟無其上岸產卵紀錄,有環保團體擔心深灣人為騷擾頻繁,令綠海龜放棄上址作產卵地。
根據漁護署資料,政府於一九九九年六月將深灣沙灘和附近的淺水水域劃為具特殊科學價值地點,並由規劃環境地政局指定深灣沙灘為限制地區。為免干擾產卵的綠海龜和剛孵化的小海龜,任何市民於每年六月一日至十月三十一日期間均不能進入深灣限制地區。
不過,生態教育及資源中心曾於去年五月底發現深灣水域停泊多艘遊艇,甚至有遊客於深灣沙灘上紮營,雖然並非禁區日子,惟有環保人士認為活動或會對繁殖期的海龜構成騷擾,令原本想上岸產卵的綠海龜放棄登灘,直接在水中產卵,而所生的蛋則會被淹死。