其中廣深港線路各站至西九龍站的附加費為一千五百元，其他線路至西九龍站附加費為三千元。違規使用特惠車票或持低等級車票乘坐高級別席別，如在西九龍站被發現，亦要承受上述罰則。
違規用特惠車票 同樣受罰
如果乘客是由西九龍站出發，越站區間涉及廣深港線路，會補收自車票票面發站至正當到站應收票價與已收票價的差額，並核收手續費；如越站區間未涉及廣深港線路，則補收越站區間票價及手續費。
行李超重 每公斤收20人幣
另外，每名成年人乘客可以攜帶二十公斤的物品登車，兒童則為十公斤，超過免費重量的物品，超重部分按每公斤二十元人民幣核收運費，不足一公斤亦按一公斤計算。旅客亦禁止攜帶任何動物進站乘車，導盲犬除外。