高鐵香港段在石崗設有列車停放處，公眾憂慮或會帶來走私風險，運輸及房屋局強調，客運列車離開高鐵西九龍站前往石崗停泊或維修時，隨車人員及列車車廂均會被視為從「內地口岸區」進入香港管轄範圍，本港的入境處及海關會在石崗安排人手及查驗設施，進行出入境及清關手續，海關更會在列車抵達石崗及離開石崗前往西九時，檢查車廂及進出車廂的人士，以防偷運違禁或受管制物品的活動；而石崗設有多重保安，包括外圍有約三米高鐵欄、閉路電視及中央警鐘等，重申所有高鐵列車均不會直接來往內地及石崗。

立法會議員譚文豪本月初去信立法會《廣深港高鐵（一地兩檢）條例草案》委員會，指石崗列車停放處無設禁區，引起公眾憂慮，擔心會成為走私黑點，例如有人在該處先將違禁品或未完稅貨品藏於列車，當列車駛至西九後由乘客接手帶回內地，或者有乘客在西九站下車前把物品藏於列車，再在停放處找人接手帶入香港，要求當局澄清有否措施解決上述事宜，及會否有任何高鐵列車不經西九龍站直接由內地往來石崗。

運房局回覆時指，所有由內地赴港的高鐵列車，均不會直接開往石崗列車停放處；同樣，亦不會有離港列車由石崗直接開往內地，又指根據一地兩檢合作安排及條例草案，高鐵香港段「營運中」客運列車車廂會視為內地口岸區，而「營運中」包括行駛中、停留中和上落客期間，並不包括列車在石崗列車停放處內的期間及列車由石崗前往西九、或由西九前往石崗的途中，高鐵列車落客後、離開西九往石崗停泊或維修時，隨車人員及列車車廂均會視為從內地口岸區進入香港範圍；相反，當列車離開石崗及抵達西九月台後，人員及車廂亦會被視為從香港範圍進入內地口岸區。

上述兩種情況下，當局指人員及列車均需辦理出入境及清關手續，香港入境處及海關會在石崗，為來往西九及石崗的列車及隨車人員辦理出入境及清關；同樣，內地出入境邊防檢查機關和海關亦會在西九內地口岸區，辦理相關邊檢和海關監管。

另外，客運列車由內地抵達西九龍站月台之後，乘客必須立即離開車廂前往入境層，列車人員如發現車上有乘客遺下物品，會交付車站職員處理，車站職員會確保所有乘客已離開月台，列車才會駛走前往石崗。當局又指出，石崗列車停放處在法律上並非供乘客使用，港鐵公司將嚴格執行管制及派員巡邏，禁止未獲授權人士進入。