九鐵自○七年將鐵路營運資產及鐵路網絡經營權租予港鐵，每年除會收到港鐵七億五千萬元的定額款項外，若港鐵營運鐵路網及其他鐵路相關業務收入逾廿五億元，便須額外給予九鐵一筆非定額款項，按港鐵收入計算。
九鐵年報顯示，去年共收到廿五億三千七百萬元服務經營權款項，較前年的廿三億九千九百萬元，增加一億三千八百萬元，增幅約百分之六。
另外，九鐵去年會計虧損為二億八千萬元，較前年的四億六千萬元減少近四成。九鐵主席陳家強在年報中表示，虧損中大部分為資產的非現金折舊開支所致，若撇除有關開支，現金經營溢利仍有穩健增長。他預期九鐵在數年內將進一步改善財務業積及償還餘下債項，在不久的將來實現長期會計溢利。