除了場館要趕工,三項鐵人賽、帆船及部分游泳項目的場地瓜納巴拉灣,亦被揭水質極為惡劣。該灣早已淪為居民的「垃圾桶」,水中除了有各種垃圾,更有排泄物及死屍,引來鼠患。美國一項研究指,灣中海水的病毒及細菌含量超標一百七十萬倍,如不慎誤喝三口即足以致病。
美國南佛羅里達州大學進行長達十六個月的研究,指瓜納巴拉灣的水質滿布細菌和病毒,若選手不慎喝下污水,就會導致胃部和呼吸道疾病,更有可能誘發心臟和腦部的炎症疾病。污水不止影響約一千四百名參加水上項目的奧運選手,更會為伊帕內瑪海灘和科帕卡巴納海灘的遊客帶來憂患。
有專家建議游泳選手不要把頭部浸在水中,否則不慎由口、鼻吸入污水,就有生病的危險。此外,沙灘的沙粒病毒含量亦高,對嬰兒及小童危害更大。