馬王之爭波濤洶湧，國民黨內傷至大，馬英九展現了前所未有的魄力為民主法治立標杆，高舉司法大旗，以維護這正義的最後一道防線，惜未能審時度勢，引發了爭議，連外國的媒體也大為關注，英國《經濟學人》雜誌直截了當地形容馬英九是「匕首出鞘」，報道馬英九與王金平之間紛爭，認為這場政爭不僅危及國民黨的團結，更讓北京當局擔心民進黨重掌政權，同時未來兩岸間任何協定均將在立法院遭到巨細靡遺地剖析檢視，政治談判也將遙遙無期。
大家關切的服貿協議，依民進黨的要求進行逐條審核，因之通過服貿協議的時程可能遭到拖延，且可能必須與大陸重新展開談判，更擔心其他國家的反應，以及今後台灣與其他國家簽自由貿易協議。民進黨的把關過度造成了兩岸議題窒礙難行，更何況未來要進入的政治談判，這些後座力效應恐是馬英九始料未及。
更糟的是民間及社會觀感對此事反應不佳，以至馬英九的民調在低處迴盪。面對二○一六年大選，最新的台灣媒體民調對兩黨最有名望的候選人，蔡英文的民調是三成九，朱立倫是二成四，蔡英文一枝獨秀，挑戰了國民黨，造成政黨再輪替的可能性。
諸多媒體均提及北京正針對民進黨可能重新執政而預作準備，自去年十二月謝長廷赴大陸訪問後，已有多位民進黨立委相繼赴大陸，為民共交流打開了一扇窗，但這並不代表北京已接受了民進黨的台獨立場。
現蘇貞昌與蔡英文大位之爭趨白熱化，但重要的是民進黨的兩岸政策不能順利推動轉型，迴避不能解決兩岸問題，這是民進黨最大的困境，也是民進黨若想執政，若仍不接受「九二共識」，民進黨將走不出兩岸的困局。