馬英九處理立法院長王金平事件，一反過去溫良恭儉讓的作風，改以強勢作為，憑特偵組的監聽密報，不給當事人答辯的機會，在缺乏程序正義的情況下，撤除王金平的黨籍，剷除王金平的職位，勢必引起黨內極大的反響。
王金平返台提出了三不：不辭職、不退黨與不罷免總統。不過，馬英九毫無妥協空間，並表示團結不應在縱容司法關說的風氣之下，否認了特偵組違法濫權之說。馬英九除王之心堅決可窺一斑。
司法關說在台並非罕有之事，況且此事乃是為立法院同仁之關說，馬英九無限上綱的作為，其背後有何用意，值得探討。由於馬英九的強勢快速處理王金平關說案，國民黨外表看來不可能即時分裂，但內部的分崩離析可期，此將影響及未來的選舉及兩岸路線的發展。
兩岸關係的發展，必須有一強勢的執政黨才可推動。兩岸由經貿進入政治議題，遇上難以突破的瓶頸，今國民黨內部分裂，必影響在兩岸政策上有一致的觀點與作為。更何況，任何兩岸簽訂的協議必須經過立法院同意，像服務貿易協議案躺於立法院內，必難通過，對北京也是難以交代。
連戰與王金平跟黨內中青代關係良好，只要連王影響力在，使得外省中青代接班的機會大增，便不符馬英九的規劃。對於政黨更替或政權交替，歷史證明，若不是自己扶植的接班人，政策就可能被提出檢驗，甚至遭受刑罰，如陳水扁案便是如此。現在，連戰之子連勝文在有意角逐台北市長的人選中民調最高，但不屬馬英九的規劃，故有必要出手。
馬英九的權勢謀略讓國民黨隱形分裂，兩岸服貿協議、互設辦事處等法案未來在立法院勢將難以過關，無形中將影響兩岸關係的進展。