台日簽署漁業協定甫落幕，中日台內部的矛盾即浮上枱面。釣魚島風雲風高浪急又值朝鮮半島的緊張情勢不斷升高，日本不願擴大周邊地區的衝突節外生枝而讓步簽約，但北京對此漁業協定大表不滿，認為這是離間兩岸的計謀，並軟化台灣保釣立場，但由於涉及台灣漁民的利益，大陸官方的態度也頗為謹慎。
台灣漁民對此結果欣躍，樂見作業海域擴大，今後將可快樂出海捕魚去，而日本沖繩縣漁民卻憤慨不滿外務省的作為，造成權利損失，並赴首相府、外務省，抗議台日簽署漁業協定，原本好的漁場被迫縮小了，勢必對水產業造成重大的影響。
台日漁業協定影響日本漁民，尤其是沖繩漁民捕魚的機會將相對減少，沖繩漁民表示與台灣漁民間的衝突和混亂將無法避免。
而台灣漁業署在此紛擾之際卻表示，若大陸漁船進入釣魚島水域，台方將會驅離。此種表態甚為不智，兩岸同胞相煎何太急，尤其這次漁業協定在第十七次的談判能突破僵局，雙方在擱置主權的爭議並有免責條款下才可順利簽訂，背後原因是大陸在釣魚島海空巡弋對日不斷施壓之下，造成了台灣漁翁得利，日本的考量乃不願釣魚島海域的衝突引發區域緊張，也是防止大陸海監船再進入釣魚島海域造成中日雙方衝突危機，在此考量下日本才有讓步之舉。
馬英九在民調低迷之際，簽訂了漁業協定算是有了政績以告慰漁民，但兩岸和平發展的關係亦應兼顧，為漁權驅趕大陸漁民亦實在不妥。兩岸在政治現實的考量下，不能共同保釣，但應可共同捕魚和護漁權，至於主權問題，中日台三方再慢慢交涉伺機而動吧！台灣方面沒有以漁權換主權，將來就有交涉談判的空間。