馬英九當選連任尚未就職，當初為馬的勝選推波助瀾的北京因素已開始發酵。兩岸交流是否有機會從經濟領域跨入政治和軍事領域，馬英九面對來自北京的促談壓力難以迴避。海協會會長陳雲林在北京兩會接受台灣媒體訪問時稱，兩岸應可推動簽署和平協議，大陸的態度很明確，經雙方協商，在條件成熟、時機適當時就應努力去推動。
馬英九在○八年及競選連任時都提出了兩岸簽和平協議的構想，但選後卻將之束諸高閣，讓有所期盼的北京，一直在等待馬的承諾可以兌現。
陳雲林也認為兩岸簽和平協議是老問題，中共在十五大時，江澤民就提出在一個中國原則下雙方結束敵對狀態的協議，而於二○○五年發表的兩岸和平發展五願景也提到此主張。兩岸和平協議原創者為北京，馬英九以此為選舉議題，現成了各方注視的兩岸議題。此外，兩岸政治互動的腳步已悄悄開步，全國政協委員、軍事科學會副秘書長羅援少將認為馬英九的「不統、不獨、不武」過於保守，台灣不能只想安於維持現狀，寄望由分裂的兩岸，無限制的向大陸要好處，他建議將「九二共識」的「一中」概念由模糊漸轉向明確化。
羅援認為今後兩岸應「一中共表」建立共識，毛澤東的名句「一萬年太久，只爭朝夕」，馬英九總得為兩岸關係留下政治遺產，大陸依孫子兵法策略前進，由「求同存異」再到「求同化異」到更積極的「聚同化異」。馬的第二任正面臨來自大陸各方的勸進壓力，過去簡化了「九二共識」，以為高舉「一中各表」就可過關，現賈慶林說「兩岸同屬一個中國」，對於一中原則的定義向前跨出一步，台灣還能躲在各自表述的盾牌後茍安嗎？