上世紀八、九十年代文革遺風瀰漫，大陸對台的批判仍用文革語言，如「跳樑小丑」之類批判李登輝。現國民黨馬英九提出「和平協議」的議題，北京沒見獵心喜，反而很冷靜地回應，顯示北京對台政策轉趨穩健成熟。
其實，馬英九與胡錦濤論述的兩岸認知極大不同，胡錦濤認為兩岸是內戰遺留延續了政治對立，兩岸統一不是主權和領土的再造，主張「一中原則」下先結束政治對立，達成兩岸和平建構，而馬英九堅持在「中華民國憲法」下維護台海現狀，推動兩岸和平發展。因之，北京審慎面對馬英九拋出主張以公投定之的「和平協議」。
馬英九為回應民進黨質疑「和平協議」，提出公投，曾主張公投的民進黨反認為這是敏感統獨議題。但馬英九的「公投」，大陸是不可能接受與認同的，因為國共共識中的和平協議內涵差距愈來愈大，此外，國民黨的「和平協議」是拒絕最終統一，長期維護兩岸分裂，北京認為這是和平分裂。
過去，民進黨用公投推動台獨，今天，國民黨的意圖與民進黨愈趨一致，台獨與北京認為國民黨的獨台愈來愈分不清楚。故大陸對國民黨的選舉議題，採取低調、迴避、隱忍等方式淡然處理，以免引發波折，影響國民黨選情。但北京的態度不夠明確，台北就以為可以混過關，在這次選舉的圖騰創造「和平拒統」的空間與認知，選後也難以逆轉。
國台辦主任王毅、海協會會長陳雲林都表示，共同珍惜兩岸關係發展的成果，並強調三年多來兩岸會談的成果是建立在「九二共識」的政治基礎上的。北京似乎擔心這政治基礎受到威脅，衷心的告白是給民進黨更是給國民黨聽。