衞生署法醫科高級醫生潘偉明,剖驗楊綺琴屍體,發現她面、手及盆骨處,都有多處在死前短時間內造成的擦傷及瘀傷;致命傷是頭部槍傷,子彈由左耳上打入,穿過頭骨擦裂兩邊腦底及腦幹,再撞穿顱底骨,最後在右耳下方穿出。子彈在她的頭內分裂,部分碎片在出口附近的軟組織積聚,未有穿出體外。
楊整個頭骨裂,腦硬膜、大腦及腦幹嚴重裂傷,腦底血管亦撕裂,槍傷入口周邊有輻射性撕裂傷,頭骨粉碎,均脗合由來福槍高速子彈造成。雖然槍傷附近無顯示近距離中槍的火藥殘迹,但不排除殘迹是遭頭髮所擋。綜合血濺分析、DNA鑑證及法醫的發現,政府化驗師張國強指楊在車門後第六排座位中槍。