馬英九兼任黨主席後的二連敗，光環迅速消逝，威望消耗殆盡，反馬英九情結瀰漫，以致鐵票生銹。國民黨呼喚不出藍營的熱忱，支持者含淚不投票，中間選民轉向，讓國民黨雖擁有執政優勢卻無法表現出強有力之施政效果。馬英九身為黨主席無法領導國民黨保持選戰優勢，相反藍綠版圖的消長讓國民黨有難以承受之挑戰，二連敗後馬英九在黨內的威信亦受到重創，高舉改革旗號，未得到黨內的支持，更無法獲得選民的認同，若馬政府與國民黨不能深刻反省而一意孤行，則將是失去政權的開始。

這次國民黨的挫敗亦可視為對馬英九不信任之投票，選民認為馬政府執政以來不能振興去弊，改革亦無法有立竿見影之效，且欠缺政治溝通能力，以致民怨四起，選民以選票教訓了馬英九及國民黨。金溥聰臨危受命擔任國民黨秘書長，隨即主導此次選戰，時間倉促，未能完全投入亦力有所不逮，他於選後表示坦然面對、記取教訓、堅持改革、大步向前。敗選雖不能盡怪於金，但黨內已有質疑誰應負責。

馬英九面對施政困局可謂王牌盡出，「八八」風災民望跌至谷底，任命吳敦義出任閣揆，又急召金溥聰任黨秘書長，卻未能聯手開創新局，今後馬英九的執政之路更為困難。過去政策推動常有父子騎驢之窘境，今後馬英九要顧及的是如何去鞏固泛藍基本盤，不能讓鐵票部隊變了調。現在確實有令人悲觀之處，馬政府擔心的是全盤皆輸的骨牌效應，且要盡速在挫敗中重新站立起來。