新流感的非常來去，使美國衞生當局大失預算，本欲以大量注射疫苗對付新流感第二波，但第二波到來時，疫苗仍未有供應。注射計劃開始未幾，第二波已經見頂；但當時疫苗供應並不充裕，當局未敢趁勢高調宣傳，惟恐疫苗供應追不上需求，只會導致群眾恐慌。及至十二月底第二波到了尾聲，疫苗總供應量才超越一億一千萬劑，較接近預期水平，但風頭火勢已過，國民接受注射意欲大減。截至十二月底，全美共有六千萬人接受了疫苗注射，是美國三億人口的百分之二十，只達原先計劃為百分之六十人口注射的三分一。

而且，美國訂購的疫苗仍將陸續有來，最終總供應可達一億九千萬劑，扣除已注射的六千萬劑，還需要「推銷」一億三千萬劑。有見及此，美國衞生部連日來強調新流感危機仍沒有過去，不知道第三波甚麼時候到臨，因而鼓勵全國國民接受疫苗注射，並宣布總統奧巴馬及其夫人已於聖誕節前接受疫苗注射。

世界衞生組織總幹事陳馮富珍日前發表的言論亦與美國衞生部口徑一致，相信是因為北半球大部分國家皆同樣面對疫苗滯銷問題，而她自己正是主催以大規模注射來對抗新流感的始作俑者之一。