馬英九上台後，最大的政策轉移是發展兩岸關係，大陸政府也大力捧場，幾乎有求必應。雖然馬英九在統一問題上一直猶抱琵琶半遮臉，甚至被部分評論者斥為「緩獨」，但中共對他這種態度又心情複雜，捧也不是，罵也不是，只期望他把國民黨的江山好好保住，不要出甚麼差錯，再讓民進黨有可乘之機。

但馬英九始終還是力不從心，黨政一把抓後，更處處捉襟見肘，自顧不暇。選舉失利後，責任跑不掉，他為之站台的雲林縣虎尾鎮長陳振輝，落選後借酒傷人，而這個陳振輝居然已經有開槍前科，並因傷人入獄。馬英九為這樣的積犯站台，與他的道德至上主義相違背。總之，做了黨主席，萬事攬上身，他又要為這種政壇無賴無端付出代價。

此後兩岸關係會不會倒退﹖這是考驗馬英九政治智慧的重心。國共兩黨在連戰和吳伯雄任上搞得火熱，馬英九上場後坐享其成，得到不少實際好處，如果因選戰失利而作冷處理，必將惹火中共，而除了兩岸關係之外，馬英九要取悅台灣選民的選擇並不太多。

兩岸關係十分講究分寸的拿捏，太慢，中共定必不高興，太快，民眾也不高興，馬英九從此更進退維谷。