有教會人士擔心，《校本條例》一旦落實，會讓教會失去最終話語權，校董會未必能如以往般貫徹教會的辦學宗旨；有人更謂條例是政府篡奪教會對學校管治權的手段。二○○五年，有教區就《校本條例》提出司法覆核，於翌年敗訴。教區旋即表明上訴至終審法院，亦表明不會履行《校本條例》。

今年一月，有關當局統計本港三百八十所津貼學校中，有百分之四十四已成立法團校董會，但有一百八十所由教會開辦的學校依然未有遵照規定。有見及此，當局把條例最後限期押後到二○一二年，亦獲得立法會通過，但教會與政府已蹉跎好一段時間，至今仍未達成任何共識。

當年提出司法覆核的某教區負責人已退休，但教區對《校本條例》的立場未有改變，更表明如司法覆核落敗，教區會上訴至終審法庭；如上訴再次失敗，教區更會把所有學校交還政府，這對於「屋漏兼逢連夜雨」的特區政府來說更是一大政治危機。

本月十七及十八日，法院將再次展開《校本條例》的官司聆訊。未知是否官司期已近，某位新主教近日也借此時機向特首贈言？