任先生晚年有三個規矩：「不過生日、不赴宴請、不出全集。」他認為過生日及宴請耽誤自己和別人的時間，「不出全集，是因為我自己從來不看別人的全集。即便是大家之作，除了少數專門的研究者，其他人哪能看遍？所以我想，我的全集也不會有人看。不出全集，免得浪費財力、物力，耽誤人家的時間。」如今人已逝，文應在，但願北京大學或北京圖書館能出版其全集，會有許多人拜讀的。

毛澤東很看得起任繼愈，盛讚他研究佛學的文章，並指示他創辦「世界宗教研究所」。從此他就成為宗教研究權威。他說：「沒有哪一個民族、哪一個國家沒有宗教。人類社會從沒有宗教到有宗教是一個進步，低級的社會不產生宗教，這同小孩的生長發育一樣，幾歲的小孩就沒有宗教意識，鬼神觀念是大人灌輸給他的，光是他自己就不會相信有上帝。……宗教起源於相信人有靈魂……才有了祭祀、上供、祭典宗教等活動。」

任繼愈遵奉毛澤東對他的指示：研究宗教，不能陷入宗教中去。「研究宗教不能讓信仰宗教的人去研究……研究宗教要『外行人』才能把宗教作為對象來研究，因為有信仰的人，如果研究他所信仰的宗教，有時不免受到局限性。正如馬克思說的，跪着的人看別人，總是比別人矮了半截，至少不客觀。」

任先生晚年看出宗教不可能消滅，因為社會上「老實人常常吃虧，有的吹吹拍拍的人卻吃得開。」「很不合理怎麼辦？宗教就站出來解釋這種現象。今生沒有得到的，相信來世可以得到加倍補償……」