過量攝取亞麻油酸，可能增加胃潰瘍及結腸炎風險。英國東英格蘭大學研究二十萬人的飲食習慣，發現每日攝取多於三十克亞麻油酸，即相等於二十七茶匙人造牛油或九茶匙向日葵油的分量，患上胃潰瘍及結腸炎的風險會增加兩倍。不過，研究人員指只要同時多進食三文魚等含豐富奧米加三脂肪酸的食品，便有效抵銷亞麻油酸的不良影響。

專家解釋，向日葵、大豆、粟米及合桃含有大量的亞麻油酸，被身體攝取後會轉化為花生四烯酸，然後再轉化成可引致炎症的化合物，從而破壞腸胃細胞，引起胃潰瘍等問題。不過，研究發現，多進食奧米加三脂肪酸的食品，有助減低七成七患胃潰瘍及結腸炎的機會。