該系統將不可使用或儲存GPS定位數據,只可利用手機的藍牙信號追蹤患者曾接觸的人士,數據僅公共衞生部門可用,以保護用戶私隱及防止政府藉此收集公眾數據。缺點除耗電外,iPhone及Android作業系統設備會因省電等原因定時自動關閉藍牙,直至用戶重新開啟,期間或錯過患者接觸鏈。
另外,每個國家(包括州或地區)只可有一個應用程式使用該系統,美國各州亦可使用該系統。
其中,猶他州患者追蹤應用程式可用GPS和藍牙定位,開發軟件公司Twenty指出未有計劃使用該系統,除非它比目前方案有效。加拿大艾伯塔省的追蹤應用程式ABTraceTogether雖然不收集GPS數據,但亦指無意使用新系統。