新法規定，生產或銷售假疫苗的人，其收益及生產工具會被省級以上人民政府藥品監督管理部門沒收。違法者也需要停產、停業，被吊銷藥品註冊證書直至取得吊銷藥品相關許可證。他們會被判罰其擁有的疫苗之貨值十五倍以上、五十倍以下的罰款，貨值不足五十萬元（人民幣‧下同，約五十七萬港元）的，按五十萬元計算。至於生產或銷售劣質疫苗的人，會被罰貨值十倍以上、三十倍以下的金額。涉嚴重案件的違法者還會被行政拘留。
此外，新法規定要補償因誤種問題疫苗而出現嚴重殘疾等異常反應，及在接種過程或接種後死亡的人。補償的範圍、標準及程序由國務院規定，而省、自治區及直轄市政府則負責制訂具體實施辦法。