正當各界關注神九與天宮一號歷史性載人自動交會對接之際，有內地網民發現，在神九上周六發射升空的四分十一秒，直播畫面出現一個神秘的發光體，其飛行速度極快，並與神九擦身而過，但發光體只出現了一、兩秒便消失，有關消息引起熱議。另有網上消息指，當局已將神秘發光體作UFO存檔。
三名神九航天員在執行升空任務期間，手上一直持有一本「航天手冊」。由於航天人員需執行眾多高難度任務，航天手冊就成為了他們重要的行動指南。據悉航天手冊共有六類八冊，所載內容包括應急、故障處理和太空船的操作指南等，務求順利完成十三日的飛行任務。
神九成功發射升空，新浪微博亦發起「給神九寫封信」活動，網民皆踴躍參加。有網民藉此機會猛批內地物價飛漲、食品安全事故嚴重、貧富懸殊及官員貪污成風等問題。有網民更留言稱，由於生活在中國太大壓力，希望可以到太空去抖抖氣。但亦有網民希望中國快些建成太空站。