國家調查局（NBI）隸屬菲律賓司法部，負責調查與國家利益有關的重案。NBI掌握先進的刑事鑑證及偵查技術，屬下設有情報機關，負責調查恐怖活動及犯罪組織，局長加杜拉曾在美國接受中央情報局（FBI）訓練。馬尼拉人質事件的後續調查，亦是由國家調查局跟進。