水果茶標榜天然健康，使用新鮮水果沖泡，但有營養師指出，飲用水果茶時必須注意糖分，部分水果本身果糖亦較高，隨時墮入高糖陷阱。為本報檢測的研究員更發現，在培植細菌後，部分器皿表面沾有顏色染料，懷疑飲品含人造色素。
營養師王敏寧指，水果茶是否健康取決於糖分，市民選擇低糖甚至無糖就會相對健康，若飲品使用高糖分水果，如杧果及荔枝，飲品的糖分會相對較高。營養方面，若市民飲用水果茶後再把水果吃完，可吸收水果的纖維，惟亦需注意如飲品以預先切好的水果，而非即切即沖，水果的營養及維他命C有機會慢慢流失，並且會孳生細菌，腸胃較敏感人士應慎選。
浸大生物系研究員梁浩文指，在測試中發現部分器皿沾有染料，惟水果的天然色素不會殘留，估計為人造色素，惟成分則有待研究。