食環署鼠患參考指數準確性成疑，影響滅鼠成效。食環署每年投放大量資源防治蟲鼠，於一五至一六年度實際開支約為一億五千萬元，一六至一七年度的修訂預算開支亦升至逾一億六千萬元，惟鼠患指數卻不斷攀升，由一○年的百分之一點五，上升至一六年的百分之四。
鼠患指數準確性亦屢受質疑。審計署一四年發表報告指，食環署於○四至一四年期間沿用相同的四十一地點進行鼠患監察，造成覆蓋範圍不足；而該署放置的二千二百四十個監測鼠餌中，有逾四成受施放殺鼠劑及食物渣滓等因素影響，但編製指數時卻沒相應調整。
香港蟲害管理學會主席陳澤森表示，鼠患指數只可作參考，未能完全反映真實情況，因鼠患指數以被咬的鼠餌來間接計算，難以確定已咬鼠餌的老鼠數量，只能確定是否有老鼠出沒。陳續指，外國一般派專員及管理公司監察鼠患，並設有懲罰機制，反觀香港缺乏類似措施。
食環署回覆指國際上無通用的鼠患參考指數，並指署方的鼠患參考指數是經參考各地所採用的方法，根據香港實際情況制訂。