朝廷要落實對香港全面管治權，制度層的最大阻隔是香港行政、立法、司法體系的結構關係，他們相互制衡分權而又「共同配合」，支撐可能來自外力的「侵擾」。這樣的設計和功能實際上是寫在香港《基本法》中的，是融在「一國兩制、港人治港、高度自治」大政方針的「主要精神」中的，是「香港資本主義制度和生活方式」不變的政治保護層，是得到中央授權的。
當年作出這樣的設計，有「不得不爾」的歷史和現實原因，初衷是九七年收回香港主權治權，保持香港長期繁榮穩定。直到今天，中央大員們仍一再肯定「一國兩制」是對中國好、香港好最合理的安排。當年朝廷不是在想九七後如何落實中央全面管治權，而是在想如何「守住主權底線」情況下盡量放權，讓香港人放心，讓投資者放心，此乃保持香港長期繁榮穩定的關鍵。
雖然朝廷知道根據主權原則、根據「一國兩制」、中央和地方政府的關係，九七後香港特區仍然是行政主導，但為了體現「一國兩制」下的「港人治港、高度自治」，中央對香港司法、立法體系也盡量「放權」，令香港「三權分立」互相制衡，司法體系完全依照英夷普通法「繼續司法獨立」，且加上了終審權在香港法院手裏，立法機構則最終實現普選。這樣的設計下，行政主導遲早不能「主導」，只能成為「三權分立」中的一翼，屆時朝廷想通過行政主導貫徹自己的管治意圖、展現一國和中央權威將更加緣木求魚。
對這樣的趨勢和危險，中央也有準備和回應。九七後人大多次釋法，最近又有半官方法律學者說要研究制訂把人大釋法制度化、常態化；立法會方面，建制派、愛國愛港陣營獲得更多議席，這些都在在顯示中央全面管治權正從堡壘內部攻破。