馬英九在位時，在「九二共識，一中各表」的基礎上推動兩岸交流，打開了兩岸前所未有的榮景，有目共睹。馬英九常引以自豪的是他在兩岸關係方面的政績，他主張「維持現狀」即「不統、不獨、不武」，現在民進黨執政，亦接過了他的「維持現狀」說。
然而，萬萬沒有想到的是，大陸涉台學者余克禮罕見地對馬英九開火，痛批他執政八年死抱「不統、不獨、不武」和「只經不政」的政策路線，迴避兩岸政治談判，加劇了台獨分離傾向，更讓兩岸政治議題成為台灣政治禁忌，總結是「馬英九執政八年對兩岸政治關係傷害是很大的，也讓兩岸的政治關係實際上是倒退了」。
余克禮還批評馬英九使台灣社會本來對兩岸政治談判、簽訂和平協議和建立軍事互信有高度共識的政治議題，變成台灣當前的一大政治禁忌。
余克禮這些指摘或許和台灣社會的政治生態有差距，現在除了國民黨主席洪秀柱之外，幾乎沒有人會要求與大陸簽訂和平協議，這個立意良好的建議在當前台灣社會並沒有得到共識，兩岸沒有政治互信就不可能有軍事互信。
不過，大陸一反常態批判馬英九，頗值得推敲。在習近平與洪秀柱見面的「習洪會」，洪秀柱提出的主張頗合大陸心意，或許大陸認為兩岸應進入政治議題年代，馬英九執政時沒有打下政治基礎，如今民進黨執政就更加困難了，因此怪罪馬英九。
最近台灣的一項民調顯示，民眾主張獨立的有百分之三十八，主張統一的只有百分之十，因此，要往「統」的方向前進並不是台灣民意的主流，責怪馬英九在兩岸政治議程上沒有作為亦於事無補。馬英九早前到大學演講「被討厭的勇氣」，陳述他當年的治國理念，指軍購是捍衞國防，並非搞隱性台獨，他表示自己沒有賣台，但水果倒賣了不少。