離島碼頭設施簡陋及失修外,渡輪的航班問題亦備受批評,當中屬人口及旅客最多的長洲最為嚴重,航班服務不勝負荷,對居民引起不便。
據運輸署數字,中環至長洲的渡輪航線每日平均乘客量逐年上升,由二○一一年的二萬三千人次,升至去年的二萬六千三百人次。今年復活節更錄得六萬人次到訪長洲的紀錄。
離島區區議員鄺官穩指出,近年經常接到居民投訴,指新渡輪常以「客滿」為由提早開出,令依時甚至早到的乘客撲空,批評新渡輪極少加開加班船,影響居民生活,「曾經有個要去瑪麗醫院探病嘅婆婆,連續三日都搭唔到傍晚船出去,錯過探病時間。」