台灣的陸委會和海基會主掌兩岸事務，負責溝通協調，現因蔡英文不承認九二共識，而使兩岸溝通機制停擺。台聯黨及時代力量這兩個極綠的政黨認為，陸委會與海基會都是一中架構下的產物，不是正常的政府機構，主張應予裁撤，相關業務要回歸外交部。
此種主張乃離經叛道，弱化兩機構併入外交部，兩岸間就成了國與國的關係，豈不是又回到扁時代，為兩岸帶來極大的衝擊。以今日中國大陸護衞主權的強悍意志，必會地動山搖，讓台灣人民受害。
蔡政府現雖沒有就九二共識有再進一步的表態，但也不敢裁撤或弱化這兩個機構，這是兩岸溝通唯一的正常渠道，兩岸近在咫尺，若溝通無門，災難必難免。
陸委會和海基會如果不能發揮作用，會讓台灣人覺得這兩個機構愈來愈不重要，極綠的思維認為存留這樣的機構純屬浪費，各種突發奇想及建議接踵而至，徒讓蔡政府增添困擾而已。
陸委會對此回應表示，依行政院組織條例成立二十五餘年來，均在此架構下負責大陸事務的處理，而海基會處理兩岸關係的重要一環，其功能與地位目前尚無法替代。
今民主政治應以民意為依歸，最新民調顯示有八成以上民眾支持政府致力維護兩岸關係和平穩定政策的立場，七成以上民眾支持以民主機制依循民意處理兩岸關係，更有近九成民眾支持兩岸應持續透過溝通聯繫和協商機制處理兩岸事務。
兩岸關係實是外交政治與經濟重要的一環，經過這段期間兩岸關係的震盪，台灣在外交方面寸步難行。就台灣參加國際民航組織一事，蔡政府已求和，希望兩岸能溝通，這應是突破口，讓兩岸可恢復正常管道的運作，建立平穩的兩岸關係。