蔡英文在競選時承諾，當選後將代表政府向原住民道歉，落實民進黨推動的轉型正義。八月一日是台灣「原住民族日」，一共有十六族的原住民代表先舉辦祈福儀式，後進入了總統府，蔡英文對原住民正式道歉。
蔡政府要慎重其事地向原住民道歉，是因為原住民在台灣的土地上長久以來備受欺壓，從荷蘭人的統治、日本人的統治，到國民黨統治初期也以「山地同胞」稱呼之，其後大力推動教育，讓他們都會講國語，有了溝通的語言，並為尊重「山胞」才正式正名為原住民。當然，在社會資源的分配以及他們原有土地的被佔領上是有所欠缺的地方，讓原住民們累積了不滿。
在外國，有原住民的加拿大及澳洲都有為政者的道歉，重新開啟彼此的友誼之門。台灣的原住民經歷不同的外來政權統治，最複雜也最漫長，蔡英文是代表政府和過去的政權向原住民道歉，道歉不是追究哪個政權應負最大的責任，道歉應是開始，是承認過去所造成的錯誤。政府能真誠地道歉，才能走向社會和解的未來。
道歉不應僅拘於形式，否則道歉只是感人的政治秀。蔡英文表示要在總統府設置「原住民族歷史正義與轉型正義委員會」，且由她親自擔任召集人。
政府道歉，社會和解，這其中應隱藏着最基本及深層的意義，那就是今日在台灣，不管本省人或外省人，先來後到都應是認同這塊土地的子民，追本溯源，台灣真正的本地人是原住民，在向原住民道歉之時也應釐清此觀念，國民黨不是外來政權，民進黨也不是真正本土政權，對原住民的尊重才能站在同一立足點上達到族群的融合。
所謂轉型正義就是要讓原住民能夠獲得公正的資源分配，他們才是這塊土地的真正主人，不分藍綠陣營都應共同尊重。