馬英九在任期的最後四個月，完成了登太平島的壯舉，不讓前任總統阿扁登島專美於前，只是時空背景不同，產生的效應也就完全不同。
當年阿扁前往時，比起今日南海還算風平浪靜，而馬英九在中美為南海而爭議不休，甚至美國航母偵察機駛入南海，名義上是維護南海的和平航行自由，實質上則是中美的較量，互不相讓，現馬英九插上一腳，難免攪亂一池春水。
話說馬英九登太平島有其重要意義，維護自己的國家利益，宣示擁有太平島主權外，馬英九的南海和平倡議得以宣揚光大，同時菲律賓將太平島送國際法庭仲裁，若被判為岩礁，如此就不能成為中華民國的領土範圍，馬英九登島有其正當性。
然馬英九此舉在台灣內外引起了軒然大波，台灣是個多元社會，意見紛紜，並不能完全贊同馬英九的做法，親綠學者稱馬英九登太平島是國共在南海主權的議題上合作。但一體兩面，馬英九卻獲得了北京的高度肯定，認為兩岸有責任共同維護祖產。
此外，越南駐台代表親自到外交部抗議，重申越南政府不同意馬英九此舉的主張和立場，作為美國最親密戰略夥伴的菲律賓也頻於國際間提出強烈抗議，相互呼應。
至於美國，除對馬英九的行動表示失望遺憾外，美國國防部日前派美驅逐艦駛入西沙群島的中建島十二海里海域，美方強調這項自由航行行動，目的是挑戰中國、台灣與越南的主權宣示，美國是未雨綢繆並非是過度反應，僅強調美國對各國的主權聲索不採立場，但是美國要保護航行自由，讓各國合法使用南海的海域空域。馬英九的登島挑起如此大的後續效應，又登上了國際版的媒體，印證看守總統還是可有所作為。