國民黨敗選之後，馬英九成為看守總統。此時此刻，他力求在卸任前有所作為，同時為了追求歷史定位，遂決定不顧美國的反對，前往太平島巡視。
去年十二月，馬英九本來想赴太平島巡視燈塔以及機場碼頭完工的設施，並宣示主權，但在美國的反對下作罷。而今馬英九行將卸任，也就義無反顧，完成登太平島的心願。
馬英九年輕時就是熱血積極的保釣分子，他對於維護釣魚島及南海主權從不懈怠。對於南海問題，他主張南海和平倡議，即「主權在我、擱置爭議、和平互惠、共同開發」，因此，馬英九此次登太平島意義重大。
台灣一向唯美國馬首是瞻，以美國的意旨為依歸。美國對於馬英九不聽規勸執意登太平島深感失望，擔心馬英九的登島打破了南海和平的局面，其他國家的元首如紛紛倣效，勢必引起區域的緊張情勢。美國呼籲各聲索國克制，不要打破南海自由與航行的安全。
馬英九這次登太平島既是他的「畢業之旅」，也基於時間及形勢的必要性與急迫性。因為菲律賓去年單方面向國際法庭提出有關太平島的訴訟，獲仲裁庭裁定太平島是島礁，間接否定台灣的太平島領土權。所以馬英九此行有宣示主權的重要用意，亦是以實際行動來抗衡。
陳水扁也在任期的最後時間赴太平島視察，當時馬英九就批評陳水扁應做好看守內閣工作，準備政權的平穩交接。今次馬英九重蹈覆轍，自然引起綠營非議。事實上，即將卸任的領導人巡視島嶼的行為屢見不鮮，如南韓總統李明博卸任前到獨島巡視；此外，梅德韋傑夫多次以俄羅斯領導人身份登上南千島群島。馬英九呼應北京共同捍衞南海主權的號召，以回應去年底的「習馬會」，在廣義上也讓人有兩岸聯手共護主權的錯覺。