中央軍委高層機構改革大幕落下。本輪軍改的重心工作是聯合指揮體制和領導管理體制的變革。最為重要的是原有的總參謀部、總政治部、總後勤部、總裝備部等四總部被拆解縮編，由原來統管決策、執行、監督的強勢總部機關，蛻變為中央軍委直屬的辦事、參謀、服務機關，人員和職能大量剝離，機構規模大幅萎縮，獨立性蕩然無存，承旨辦事，互相牽制。
這其中，撤銷總參謀部，重新組建中央軍委聯合參謀部，尤其重要。因為軍隊的首要職能是作戰，作戰的關鍵在於指揮，而指揮的關鍵在於中樞指揮機構。原有的解放軍總參謀部，從中共組建黨軍以來，無論從工農紅軍到八路軍、解放軍，都以總參謀部作為重要的指揮機構。一九四九年之後，總參謀部更是日益坐大，成為解放軍內部規模最大、權力最重的單位。
總參謀部不僅管轄與軍隊作戰息息相關的作戰部、情報部等機構，負責全軍作戰指揮；同時肩負軍隊建設管理職能，如國防動員、軍務、訓練等；還代行陸軍總部的職能，因為在以往中國只有海軍、空軍、二炮設立專門的總部機構，陸軍職能分散在各大軍區，總部職能就主要由總參謀部代行，譬如陸軍航空兵部就設在總參；此外，總參謀部還直轄有大量作戰部隊和軍事院校、直屬單位，譬如總參下轄的技術偵察部、電子對抗部、信息化部，實際就是雷達兵部隊、電磁作戰部隊、網絡作戰部隊。
為了統管這多達十幾萬人馬的龐大隊伍，總參謀部自成體系有自己的政治、後勤保障等機構。
其他的總政、總後、總裝運行模式與總參相差無幾，各自五臟俱全，儼然四個「獨立王國」。四總部本來的原意是中央軍委的四個工作部門，然而在實際運行中，軍委的命令必須傳達給四總部，而後由四總部傳達給各大軍區來執行，各地也需要通過四總部才能與軍委溝通，龐大的四總部成為橫亘於軍委之下、擁有統兵實權的機構。實際上，四總部才是掌握實際軍權的四大天王，軍委反而被虛化了。如果遇到一個不願過問軍務的弱勢領導人，這一特徵就更為明顯。反之，遇到一個強勢領導人，要推進軍改，就勢必首先拿四總部開刀。
以總參謀部為例，改革之後，只原代行的陸軍管理職能劃撥給新組建的陸軍總部；原所轄技術偵察部、電子對抗部、信息化部剝離，歸屬於新成立的戰略支援部隊；所轄軍訓部、動員部，都獨立出來，成立直屬於中央軍委的訓練管理部、國防動員部；所屬軍事院校分別劃歸訓練管理部、陸軍、戰略支援部隊。只留下一部分參謀機構整編成立中央軍委聯合參謀部，其與原本的總參謀部相比，職權大大縮小。
原本的總參謀部實際是一個司令部，擁有許多決策權、領導權、指揮權，亦可單獨向全軍發布各項條令指示。而聯合參謀部純粹變為一個參謀幕僚機構，為軍委主席的指揮決策提供參考意見，自身不再有決策權。軍委主席通過聯參部，來指揮各大戰區，從而牢牢掌握了軍事指揮權的高度集中統一。總參改聯參，一字之差，十幾萬人馬被分散。總參謀長也改成參謀長，再無「總」管軍令軍政的權力。
而且，新成立的十五個軍委部門，都附屬於軍委，不再是一個獨立層次。這就好比一座寺廟，原由四大天王各擁法器、把守山門，香客進大雄寶殿禮佛，必須經過此關。現在，這一層級取消了，新的十五尊羅漢都在大雄寶殿裏，團結在佛爺腳下，香客可直接參拜佛爺，羅漢們都只是陪侍和助手。