一般來說，佩戴隱形眼鏡時不建議同時使用外用眼科藥物，某些特別為隱形眼鏡而設的眼藥水除外。但若因病情需要，某些病人經醫生診斷後需要同時使用眼藥及隱形眼鏡，他們應在滴眼藥水卅分鐘後才戴上鏡片。
若他們正使用軟鏡片，應選用不含防腐劑的眼藥水，因一些防腐劑如苯扎氯銨會積聚在軟鏡片上，並刺激眼睛。眼藥膏則不可以與隱形眼鏡一同使用，以免影響佩戴鏡片或直接影響鏡片。連續使用含去氧腎上腺素或腎上腺素的眼藥水，亦可令軟鏡片變色。當眼睛受感染時，治療期間應停止使用隱形鏡片，以免病菌藏在鏡片上。
除了外用眼藥，口服藥物亦會影響到隱形眼鏡，如需持續服藥，可能要暫停使用隱形眼鏡。口服避孕藥和雌激素可引致角膜炎、眼角膜及眼瞼水腫等而影響佩戴鏡片；抗敏感藥抗組織胺會減少淚水分泌及眨眼，令佩戴者感眼乾不適；亞士匹靈會經淚水分泌出體外，可積聚在軟鏡片上，並刺激眼睛；抗生素利福平及呋喃妥因會令眼淚變色，長期使用亦可令軟鏡片變色。
篇幅有限，不能盡錄所有藥物對佩戴隱形眼鏡人士的影響，使用隱形眼鏡人士用藥前可諮詢醫生或藥劑師的意見。
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