習近平和奧巴馬通電話時，特別要求美國在涉藏和涉台問題多加關切。涉藏，自然指的是奧巴馬剛剛見過達賴。而涉台呢，原來馬英九也有關係。
美國在台協會（AIT）執行理事唐若文不久前訪台，在與馬英九會面時提到「台美關係出現一些挑戰」。台灣的解讀，就是元旦的「升旗」事件。當時，台灣駐美代表沈呂巡在雙橡園升起青天白日旗，之後，美國國務院多次表達「失望」，之後，美國對此更將關切的級別從國務院提升到了白宮，指升旗事件為「困難時期」，「希望能夠渡過難關」。在唐若文台灣行期間，還傳出有人聯名致函美國務院要求撤換台代表沈呂巡。
消息指，沈呂巡事後向美方道歉了，還獲得美助理國務卿拉塞爾「面授機宜」。但是，這次奧巴馬致電邀請習近平訪美時，拉塞爾正在北京，其首要任務是在北京安排訪問事項以及商討中美峰會聯合聲明內容。一般相信，在未來七個月美國會避免因台灣問題節外生枝。所以，訪台的唐若文要求馬英九盡快處理「升旗事件」。
由於，沈呂巡「升旗」，受到馬英九發新聞稿讚揚，並指這證明「活路外交」更有尊嚴。因此，這也成為馬英九踩紅線的證明。
據悉，為了取得美國的諒解，馬英九已決定盡快由前國防部長楊念祖接替沈呂巡。
美國方面對馬英九政府表示，美台關係還是非官方的關係，不能越界。台灣新任駐美代表不要是「麻煩製造者」。
奧巴馬政府跟着還要處理蔡英文訪美的事宜。一般認為，蔡英文二○一六年大位篤定在握，但是，是否也會衝撞紅線呢，相信奧巴馬也會有所約束。