台灣南部禽流感肆虐，主要影響鵝鴨場，亦至少有一個雞場受波及；分別屬H5N8亞型，近似最近南韓出現的，及全新的H5N2亞型，屬全球首次發現，相信是透過其他禽流感病毒基因重組而來。此兩個亞型禽流感都沒有由禽傳人病例，故至今仍非人類公共衞生問題，卻是導致經濟損失的農業災難。
台灣農委會估計，疫情發展至今，鵝鴨損耗量已逾二十五萬隻，乃全台逾一千三百萬總養飼量的百分之二。至今禽蛋禽肉價格未受影響，相信跟民眾恐禽蛋禽肉傳播禽流感，而減少食用有關。但農曆新年在即，需求是否回升不得而知，尤其經一輪沒有人類感染出現，民眾戒心自然降低。
水禽包括鵝、鴨，於禽流感傳播角色極為重要。水禽對禽流感病毒抵抗力較強，體內可帶禽流感病毒而不發病，故又稱禽流感病毒「帶源者」。這些帶源者在農村水道游來游去，極易把禽流感病毒傳到其他水禽，令牠們亦成帶源者。水禽亦可接觸陸禽如雞及火雞，但此等陸禽對禽流感病毒的抵抗力卻極為薄弱，感染後迅速病發，造成大量死亡。結果，本是水禽感染得來的病，待傳到陸禽身上才顯現出來，但每每太遲，整個地區如台灣南部，或已潛藏很多無病徵的帶源者，令控制疫情更困難。
帶源者除沒病徵外，體內帶禽流感病毒數量亦不高，故抽取樣本化驗，亦難一下子驗出。為清除農村帶源者，越南曾在一段頗長時間禁孵鵝鴨蛋，令鵝鴨數目大減，似有成效。台灣是否需要倣效，有待疫情進一步發展。