宗教恐怖主義者以極端手段襲擊象徵言論自由的傳媒機構，凸顯了伊斯蘭教價值觀和西方世俗文明的矛盾和衝突。
歐洲在經歷了數百年的啟蒙運動之後，宗教影響力逐漸退出人們的生活，取而代之的是以理性主義為本位的主流社會。相反，直至今天，伊斯蘭文明仍然是一個帶有強烈政教合一意識的文明體系。兩種文明對於宗教，以及由之而產生的生活方式，例如對言論自由的理解和對宗教人物的態度等，都具有根本差異。法國《查理周刊》諷刺伊斯蘭宗教人物，究竟是體現言論自由，還是宗教冒犯？矛盾正產生於此。
伊斯蘭教和基督教兩大文明的衝突其來有自。從中世紀十字軍東征到亨廷頓教授（Samuel Huntington）的《文明的衝突與世界秩序的重建》（The Clash of Civilizations and the Remaking of World Order）延綿上千年，衝突的本質已經出現了微妙變化。當年的基督教文明跟伊斯蘭教文明一樣，是以宗教為主體的體系。時至今日，西方文明已經歷過世俗化和政教分離的洗禮，彼此衝突的理由也從歷史和文化差異，加入了更多的接觸、社會現代化和變遷、對全球化態度、經濟地區主義增長等因素。
可是，衝突核心，其實仍然離不開對宗教神聖性的理解。兩者的衝突，既有兩個宗教文明體系在本質上的矛盾，也有兩個文明體系在歷史過程中，走進了不同發展道路的形態之爭。