兩岸的統一路應該如何走，是一個必須面對但台灣又不敢公開探討的議題。香港的民主學運，讓馬英九公然排斥「一國兩制」的「和平統一」，但又未提出任何替代方案，因「統一」的探討在當前台灣是禁區，沒人願去觸及這敏感的議題，總在「維持現狀」上含糊應對。
馬英九接受德國傳媒的訪問，德國人以其親身體驗，對兩岸未來將會何去何從有更強烈的好奇心，馬英九表示他願意學習兩德處理雙邊關係，最終實現統一的經驗。
東西德本是獨立的兩個國家，由開始對話導致兩德得以在一九七二年簽署「基礎條約」，馬英九說這是非常好的一步，不過在對話交流中最終必導致政治對話甚而進一步簽訂政治協議，這是德國統一的進程，由簽署「基礎條約」到一九九○年的兩德統一，相距十八年，這是一個溝通對話交往籌備統一的進程，只不過德國是「一德兩國」的原則，馬英九稱不能直接套用於海峽兩岸，因大陸和台灣之間的關係既非國與國之間的關係，也不是一國內部的關係，到底是甚麼關係，馬英九稱是「歷史上從未有過的一種關係」，實是理不清剪不斷。
馬英九小心翼翼地闡述兩德統一進程，且又與台灣現狀切割，但媒體刊出稱馬英九將「學習兩德最終實現統一」，這段話涉及了統一，引起了獨派的反彈，認為馬英九公然賣台。
統一是個嚴肅的課題，必由台灣二千三百萬人決定，非馬英九一人說了算，馬英九承受不了國內的壓力，竟然作出公開申明，指出德國媒體的報道錯誤，他並沒有提及統一。
現又是選舉進入倒數計時的時刻，統一訴求是票房毒藥，馬英九有改善兩岸關係的決心，但統一仍是不可說不可議的話題。