台灣的涉嫌共諜洩密案至今仍未有具體證據落罪，但此案過程喧騰侵襲了兩岸的友好氣氛及互信，民間頗為憂心之際，馬英九卻信心滿滿地指出，台海目前處於六十五年來最穩定的時候，最近發生的張顯耀之案件，只是兩岸關係發展大勢中的小波瀾。
戰爭沒有贏家，和平沒有輸家，兩岸的和平發展最為重要。馬英九又再度強調政府重視兩岸關係，並堅持在中華民國憲法及九二共識下推動兩岸關係，以達到「以台灣為主，對人民有利」的目標。
大陸方面與馬英九政府頗有默契，繼海協會會長陳德銘日前以兩岸不受小事枝節影響來形容張顯耀案後，國台辦主任張志軍近也指出，兩岸關係和平發展不會因為個別事件而停滯，深化兩岸經濟合作的步伐不會停。
北京涉台部門的表態令台灣朝野放下心頭大石，也佩服馬英九政府在兩岸事務上之研判與拿捏，畢竟北京於此時對台不會翻臉，只要台灣不衝刺台獨，北京就有寬大的容忍度，所以讓台灣方面更有揮灑的空間。
馬英九政府辦張顯耀案對內警示不可逾越權責與大陸官員建立私人情誼，對海峽彼岸則暗指仍在諜對諜不友善的作業，陷台灣官員於不義，最重要的是這場人事鬥爭獲得了如意的結果，可謂一石三鳥，成績斐然。
目前兩岸間唯一的共通點就是如何擴大及深化兩岸經濟合作，這亦是共同面對國際競爭的明智抉擇。習近平上台催促的盡快解決兩岸的政治分歧，因張顯耀案而暫時就此打住。
此外，在台灣內部諜影幢幢的社會氛圍下，已沒有邁向政治對話的可能，馬英九政府順水推舟讓政治對話隨波而去，在張顯耀的案件上許多人批評馬英九政府高層的操作粗糙，但卻未領會其鬥爭的手段，堪稱高明也！