當北京的一國兩制白皮書在香港激起了千層浪，超過七十萬人自發性地網上投票爭普選，甚至揚言七一回歸周年走上街頭表達訴求，香港在浪頭上不見平息，社會有了港台命運與共的比擬，有謂「香港的今日是台灣的明日」，意味有朝一日若「台灣回歸、祖國統一」，會遭遇同一境遇，讓台灣深感憂慮。
這些年來台灣的本土意識高漲，見了香港的情況，在已絕對民主化的台灣人看來，是非常抗拒的。馬英九表明「一國兩制」不適用於台灣，台灣毋須理會白皮書，此話為的是讓台灣人安心，不必恐懼。
鄧小平提倡「一國兩制」是創舉，主要是典範台灣，但香港猶自顧不暇，北京處理香港問題也焦頭爛額，說好話適得其反，說重話又被視為恐嚇要挾，港人也有其香港意識，回歸十七年仍缺乏國家認同，是為可悲。
面對香港與台灣關係的探討，馬英九做了非常明確的表白，這個表白在台灣或會取得共鳴，但必不受北京歡迎，北京希望聽的是順耳美言。
馬英九告訴台灣媒體說，「不管中共對香港的『一國兩制』承諾做不做得到，跟台灣都無關，不能拿香港設想台灣的未來，這是不可能的事情，我們也不會接受。」
無論北京願不願意承認或接受，事實卻是兩岸關係走得愈近，台灣卻愈擔心有朝一日會和香港一樣，這種「他朝君體也相同」的感受也愈來愈深刻，的確會讓台灣民眾心生恐懼，馬英九下安定劑，認為這種恐懼和憂慮，都是不理性的。
港台間近年來有更廣更深的交流，但也難彌補台灣人心中對「一國兩制」的恐懼，馬英九強調中華民國是主權國家，有軍隊，和香港不一樣，這真情告白傳達了台灣人的心聲。