1.改航道是否因出航時間推遲？
「歲月號」原定於四月十五日晚上六時三十分啟航，惟因濃霧天氣推遲了兩小時三十分。當局懷疑船長為縮短航行時間而改變航道，使客輪觸礁或使船身傾斜。
2.巨響是否由內部爆炸造成？
部分專家認為船隻在航行中突然發出巨響，撞上暗礁的可能性最大，但不排除巨響由客輪內部機件故障造成。當局則認為巨響是客輪急轉時，船上貨物與船身碰撞所造成。
3.是否與非暗礁或其他物體相撞？
專家指事故海域雖屬岩礁地帶，但珍島近海暗礁不多，故事發時有可能撞到海上其他物體。
4.客輪為何向一側傾斜？
當局初步判斷客輪在改變航向期間，船上裝載的貨物移位，使船體失去重心傾斜。但有專家將此歸咎於客輪的設計上，指客輪屬滾裝貨輪，重心高且穩定性低，一旦貨艙內的貨物滑向一側，或是貨艙大門受衝擊而打開，都會使船身傾斜。
5.客輪為何突然沉沒？
專家認為「歲月號」如此巨大的船隻徹底沉沒，說明船身出現大裂口，使大量海水湧入。有分析指，「歲月號」是採用滾裝式設計，不設橫隔艙壁，艙內支柱較少，影響抗沉性。