香港大學深圳醫院在內地及本港聘用醫生，港大醫學院教學人員亦要輪流北上。有病人組織憂慮，本港公立醫院人手陷「水深火熱」，再抽調資深醫生北上，恐影響本地基層醫療的臨床服務及醫生培訓。有醫生更透露，部分醫學院教授因兼顧深院工作，需瑪麗醫院公立醫生分擔臨床工作。更擔心將來港大與新加坡合作的私家醫院港怡醫院落成後，人手再被分薄。
需赴港大深圳醫院的醫學院醫生需於清晨七時，由瑪麗醫院出發，一直工作十一至十二小時才能返港。據了解，部分需要公院、深圳兼顧的醫生埋怨舟車勞頓，但若拒絕北上，又恐不獲續約。有醫生更擔心內地醫鬧事件，在深院工作如何確保人身安全。
社區組織協會幹事彭鴻昌認為，醫學院的資深醫生不論到深圳或私院看症，都會影響公院的臨床監督。公院病人接受資深醫生治療的機會亦減。
港大外科學系主任盧寵茂認為，港大深圳醫院正是市民於本地、私營系統以外的一個服務選擇。大學方面，尚未談及未來港怡醫院的人手調配問題，現時只集中發展深院。