「馬王政爭」引起了政壇動盪，有人擔憂會否引起國民黨的分裂，甚至造成再次的政黨輪替。殷鑑不遠，一九九四年台北市長選舉，國民黨分裂，造成陳水扁漁翁得利當選台北市長，兩千年亦是國民黨的分裂造成台灣政壇史上的第一次政黨輪替。
不過依此次「九月政爭」來看，國民黨不至於分裂，馬英九雖立意鍘王，王金平亦全力進行院長保衞戰，不過依王之性格與政治歷練，應知台灣沒有第三勢力的空間，分裂出走的國民黨終將式微，因之王口口聲聲地強調自己是永遠的國民黨員，只有留在國民黨內才有前途及反敗為勝的機會，他也不會號召黨員同志出走。
其次，馬英九的義無反顧無情地以黨紀處分王金平的關說，一改馬英九軟弱的形象從而立威，黨內人士應有所戒惕，不敢公然反馬英九，更何況明年七合一選舉在即，更有待馬關愛的眼神予以提名為候選人。提名權在馬英九黨主席手中，離開黨就無機會，因之黨籍官員為保官位，民意代表爭取成為候選人，不會分裂黨的行為。
但「馬王之爭」馬英九以保衞司法，重振法治之重舉，本應獲得掌聲，但由於手段過於急迫粗糙，反將王金平塑造為悲劇英雄從而獲得同情票，以致醞釀黨內不滿馬作為之情緒，馬英九在鍘王後的民調跌入個位數，只剩百分之九的新低點。
面對今後的選戰，若不能人和必有隱憂，今後如何破解政治僵局化解憲政危機，馬英九應擬定對策。
「殺一儆百」是馬英九發動政爭的重點，震盪反彈難免。星雲大師出面勸和，馬王兩人應握手言和，放棄執着，使社會和煦，此才是國民黨之福。
這場政治風暴，國民黨雖不會分裂，但台灣未來須積極追求人和之路。