陸軍下士洪仲丘的死亡案，導致國防部長高華柱下台，是馬英九為此案引發的激憤民意設停損點，由文人部長楊念祖正式上台。
台灣的軍隊國家化，經政黨輪替確定了制度，過往也一直努力試圖文官領軍，李登輝時代有台大前校長孫震擔任國防部長，現楊念祖乃學者出身，研究軍事國安術業有專攻，且當了四年的副國防部長，對國防部內部的事務十分熟悉，外界期待文人國防部長能大力改善軍中的陋習。
洪案發生後輿論壓力排山倒海，三萬人在國防部前示威抗議，楊念祖以副部長身份親赴火線，向民眾保證絕對會給予真相，現楊念祖成為馬總統任內首位文人國防部長頗獲正面評價。
軍中的積弊難輕易變革，因之期待文人部長才可能擺脫包袱，楊念祖文官當家，可跳出舊有的局限與框架，讓軍隊的管理、運作與制度有不同的風貌。
軍隊長期以來僵硬而神秘，當年拉法葉受賄案，承辦人頗了解內情，竟無故浮屍於海上，被視為謀殺，直至今日也未破案，且在處理案件時黑箱作業不透明。因之軍中的改革應及早提上議事日程，軍法審判也應與時俱進有所改進，這些任務都落在新任部長身上。
但外界也擔心文人部長恐鎮不住軍人，改革不能到位，過去國軍的人事權與預算權都控制在參謀總長的手中，現經過修法，部長主導軍隊資源分配，軍政軍令一把抓，有了改革的力度。
洪案至今仍真相未明，他是如何在禁閉室操練中猝死，過程仍未能全部披露，家屬血淚，全民怒吼，周六仍將號召萬人示威，喊出「要真相，要人權」。人民的呼喚的確喚醒了積弊已久的軍中制度與文化，期望文人部長能讓人耳目一新。