珍珠奶茶過往問題纍纍，本港或內地曾多次爆出含菌超標。今年四月，重慶大學有學生踢爆當地台式飲品店製作黑心珍珠奶茶的過程，店舖使用過期原料及毫無牛奶成分的奶精沖茶，即棄膠杯更重複使用，衞生環境惡劣。
本港食物安全中心前年亦發表風險評估研究結果，指約一成含有固體配料的非預先包裝凍飲，微生物質素及衞生情況欠佳，研究亦不排除與食肆將食材烹煮後用上數天，加上存放不當導致微生物大量繁殖。
除衞生成疑，珍珠奶茶的食用安全亦惹人關注。前年台灣一間香料公司為節省成本，在生產常用於飲料、果凍等食品的添加劑「起雲劑」時，加入致癌塑化劑「鄰苯二甲酸酯（DEHP）」，並供應食肆製作飲料，引起全球各地台式飲料風波，連香港多間大型飲品店亦受牽連，多間大型連鎖店亦停售受影響的珍珠奶茶及果茶等飲品。
香港餐飲聯業協會會長黃家和指，近年即製飲品的安全問題，已令本港業界主動提升源頭管理及改善衞生質素，食環署近年亦加強監察，故相信本港出現問題珍珠奶茶機會不大。