兩岸互設辦事處的條例在立法院內遭到在野黨的強力杯葛再度鎩羽而歸，國民黨原本想正面迎戰，強渡關山，但黨籍立委也不支持，堪稱前方談判，後院着火。
兩岸互設辦事處成了政治議題的攻防戰，當然兩岸互信基礎不足，陰謀論滿天飛，各種擔心不能釋懷，尤其人道探視權更是台灣朝野共同努力的目標，連黨籍的立委也表示「沒有人道探視，就沒有辦法支持」。
所謂「人道探視」是指本國公民遭他國逮捕、羈押時，本國領事可行使探視權及協助向駐在國政府進行協調，現為了保障大陸台商的人身安全，台灣方面強烈要求有探視權，但北京認為這涉及領事探視權，涉及國與國的問題，對大陸堅稱「兩岸同屬一中」的立場一直是個挑戰。
在兩岸互動如此頻密下，設立辦事處以解決因交流衍生的問題，是有現實的需要。馬英九也表示互設辦事處是兩岸基礎工程重要的一環，協助每年八百萬人的互動，以及一千六百億美元以上的貿易服務往來。
馬英九強調兩岸是兩個政治實體，但習近平說，在統一之前兩岸同屬中國，不可分割。
兩岸不同調，在互設辦事處上終於凸顯了矛盾所在。
關於旅行證件的問題，未來大陸人士可在海基會辦事處辦入台證，台灣人民的護照到期，也可在大陸的海基會辦事處換發，如果涉及換發中華民國護照，同時又享有領事豁免權，北京政府或又有不同的詮釋，政治的考量真是剪不斷理還亂。
立法院內藍營立委踩煞車，與黨不同調是策略運用或是立委諸公的堅持？台灣企圖迫使大陸退讓取得人道探視的外交權限，北京又何能鬆口，顯示兩岸交流正由「淺水區」到「深水區」了。