台灣漁船被菲律賓公務船掃射造成人命傷亡，在民情激憤下，馬英九開始展現強硬態度，提出道歉、賠償、懲兇、啟動漁業協議談判四部曲。但是，菲律賓總統府態度傲慢，聲明對台灣漁船定性為非法捕魚，造成傷亡，僅感到哀傷，在另一新聞稿竟本末倒置地稱，是台灣漁船衝撞海監船才使菲方對此「挑釁行為」回應，因此僅向死者家屬表示「誠摯與深切的同情與慰問之意」。
近期，菲律賓欲將與中國大陸有主權爭議的黃岩島提交國際法庭仲裁不果，加上大陸派出多艘艦艇赴南海海域維護主權展現決心，讓菲律賓不滿，才找上沒有武器裝備的台灣漁船「廣大興28號」報復，實是柿子挑軟的捏。返航後，漁船被檢驗出有五十多個彈孔，可見菲方有多殘暴，根本是欲打死漁民，打沉船隻，如同海盜。
馬英九政府對菲律賓當局的處理也相當不滿，決採取嚴厲手段反制，包括全面凍結菲勞的新申請案，暫緩菲勞輸台。事實上，早於二○○五年九月底，台菲雙方簽訂台菲「農漁業合作瞭解備忘錄」，雙方協議共同建立小組專責處理漁業糾紛，但效果未彰。當下菲方若再不釋出善意，將會中止一切漁業合作。
菲律賓蠻橫無理，馬英九承諾將強硬到底。外交部便傳達馬英九政府意旨，表示「不達目的決不罷休」，在菲方態度反覆並無誠意下，不排除祭出第二波反制行為，務使菲方道歉懲兇，並上談判桌，不讓悲劇再重演。
台灣現在已派海軍艦艇與海巡署艦艇一起出發護漁船，讓在巴士海峽附近捕魚的台灣漁船稍感安心。現在，台灣只有以軍方之力給菲增添壓力，希望最終能達致簽署台菲漁業協議，並在南海主權問題上取得發言權。這次漁船慘劇可謂台菲間外交的危機，但也可能是轉機。