治療性別認同障礙人士通常有實際體驗生活治療、心理治療及賀爾蒙治療等方法，但變性手術是最徹底的一種，惟要在公立醫院接受變性手術，事前須接受嚴格專家評估。變性手術時，醫生先會切除病人生殖器官，如男變女會切除陰莖及在直腸至尿道之間造出人工陰道，之後利用矽袋形成人工胸部，最後會切除喉核和磨小頰骨，使她更女性化，術後更易融入社會。
女變男挑戰更大
有醫生曾形容，女變男手術比男變女具挑戰性，因要使用外陰或大腿側皮膚再造人工陰莖，再使用身體軟組織重塑陰莖軟組織，即使現今技術昌明，也難以為病人造出近乎完美的人工性器官。