海基會與海協會互設辦事處的草案已獲通過，積極爭取讓兩會互設分支機構具有核發旅行文件等辦證功能，期望在明年底以前可以落實。
海基海協兩會互設辦事機構是「黃金十年，和平兩岸」的表徵，亦是兩岸關係和平穩定的重要指標，未來若能順利互設辦事處就近解決交流衍生的問題，對兩岸關係的發展有正面效應。但是民進黨仍有疑慮，有三點提醒，必須對等、尊嚴原則；辦事處要具有實質功能；單位的運作必須透明、可受監督。民進黨尤其擔心該機構從事業務外對社會的影響及管控，希望將來海協會在台的辦事處不要變成第二個中聯辦，所以有諸多監管的要求。
至於台灣計劃籌辦在大陸設海基會辦事處，初期只打算在北京及上海、廣州台商較多的地方，尤其這幾年政府財政收入相當困難，籌設據點所需經費龐大，且人員配備也受公務員的管制，一切依政府的人力及預算來定。
台灣希望辦事處可有准領事待遇，實際功能享有「領館及領事官員的特權與豁免」，兩岸關係不同於兩國關係，在草案條文中避開敏感的「國旗與國徽」爭議，目前兩岸雙方僅對經貿、文化、教育、交流聯繫、急難、救助等服務範圍有共識。
另依草案內容，未來海協會赴台設辦事處須向陸委會申請，即使變更人員也需經許可。如此方向無非是為兩岸架接了從「互不否認」階段，逐漸走向「相互承認治權」的過程，兩岸橫跨二十年的白手套，也將經由正視對方存在實體的事實而逐步取下，屆時兩岸關係將跨出重要一步。惟大陸是否已願進入互相承認治權的階段，是為關鍵，北京尚在研商中，台灣的規劃沒有北京的配合也難跨出兩岸的新局。