一如外界所料，國務院的機構改革廢除了鐵道部，將其政府功能合併到交通運輸部及其新增的鐵路局，鐵道運營業務則成立中國鐵路總公司來負責，這顯然是符合政企分開的改革思路。
鐵路政企分開，以至私有化帶來的新問題可能比解決的舊問題更大。如英國，鐵路私有化的結果是意外頻生，英國鐵路服務變成不準時的代名。日本鐵路的企業化不同英國的市場化，把原來國營公司只分拆為幾個地區企業，但減少不了政府的財政補貼投入，也有企業之間的協調。
內地現時走的是第一步，政府與企業分開，但從鐵路特殊產業要求，政企還要緊密合作，企業的發展也少不了政府的財政補貼。而企業內部如鐵路營運、鐵路基本建設和生產等，整個價值鏈不同環節的分工和協調並不容易，特別是中國鐵路系統正在經歷着高鐵技術急速提升的階段。融資、研發、技術轉移與本土化等等對企業的管理要求極大，不可能靠市場化的方法解決，且鐵路營運更不可能利潤掛帥，還要照顧消費者的成本、社會政治效益等。
今次政企分開後，以往由鐵道部承擔的技術開發，將由部轉到公司。鐵路局的政治地位下降，支持公司的能力會大減，可能對高鐵的發展帶來阻礙。現階段似不宜再進一步分拆鐵路總公司，需在高鐵和鐵路大建設的時期，穩定管理體制，包括其內部的分工協調，不能為競爭而競爭，私有化而私有化。下一步怎走，還要參考國外教訓、多作諮詢研究再通過試驗來推行。